Odborná knihovna se nachází v levém traktu budovy vedle urologické ambulance za pavilonem akutní medicíny podél Humpolecké ulice. Je zapsána do evidence knihoven Ministerstva kultury ČR. Její fond tvoří knihy, časopisy, speciální informační materiály z oboru medicíny, přírodních, společenských a technických věd, ekonomie a práva, dále slovníky, encyklopedie a literatura populárně naučná. Fond je systematicky doplňován a v současné době má kolem 11.680 knihovních jednotek. Knihovna poskytuje knihovnické a informační služby zaměstnancům nemocnice, studentům vysokých a středních škol a ostatním zájemcům z řad veřejnosti.